Les Bourses d'études sont de deux ordres – les bourses au mérite et les bourses au besoin.
Quatre bourses au mérite – une par faculté de médecine – sont remises dans le cadre du congrès annuel en avril. La sélection des boursiers est effectuée par un comité, composé du vice-doyen aux affaires étudiantes et d'un représentant du Regroupement des étudiants de l'AMQ, dans chacune des quatre universités.
Des bourses au besoin sont offertes en novembre, chaque année, en collaboration avec la Fondation médicale canadienne. Elles visent à soutenir financièrement des étudiants en médecine ayant besoin d'aide pour poursuivre leurs études. La sélection des boursiers est confiée au bureau d'aide financière aux étudiants de chacune des facultés.
Le Prix Robert-Gourdeau souligne l'esprit d'initiative d'un étudiant en médecine et son engagement social et communautaire tout au long de sa formation médicale. Le lauréat est choisi parmi les quatre étudiants en médecine qui ont préalablement reçu une bourse d'études de l'AMQ, après avoir été désignés par leur faculté de médecine respective. Aucune candidature de l'extérieur des facultés n'est donc acceptée.